MZmine

MZmine
Basisdaten
Entwickler	mzio GmbH
Aktuelle Version	4.7.29[1] (18. August 2025)
Lizenz	GNU General Public License, Version 2[2], MIT-Lizenz[3]
deutschsprachig	nein
mzmine.github.io

MZmine ist eine Software zur Datenauswertung in der Massenspektrometrie. Das Programm basiert auf Java und ist unter Windows, macOS und Linux lauffähig. Der Klient ist unter der MIT-Lizenz veröffentlicht. Das Programm verpflichtet für die Nutzung jedoch zur Registrierung eines Kontos und ist nur für nicht kommerzielle, akademische Anwender kostenfrei verwendbar. Alle anderen Nutzer erhalten eine 30-Tage-Testversion.

Ursprünglich wurde MZmine unter der GNU General Public License veröffentlicht. Eingelesen werden konnten die offenen Formate ANDI und mzXML. Es kombinierte mehrere Funktionen zur Datenverarbeitung unter anderem spektrale Filter, Peakdetektion, Aligment von Chromatogrammen, Normalisierung sowie Datenvisualisierung und -export. Es unterstützt Massenspektren von LC-MS und GC-MS Geräten.^[4] Version 2 fügte Funktionalität für Tandem-Massenspektrometrie, Isotopenmuster, Streudiagramme zur Visualisierung und eine Methode zum Abgleich von Peaklisten basieren auf dem RANSAC-Algorithmus hinzu.^[5] Mit Version 3 wurde der Datenaustausch mit GNPS, SIRIUS und MetaboAnalyst verbessert. Unterstützt werden nun auch IMS-Daten.^[6]

• MZmine auf GitHub

1. ↑ Release 4.7.29. 18. August 2025 (abgerufen am 12. September 2025).
2. ↑ In: SourceForge.
3. ↑ In: GitHub.
4. ↑ Mikko Katajamaa, Jarkko Miettinen, Matej Orešič: MZmine: toolbox for processing and visualization of mass spectrometry based molecular profile data. In: Bioinformatics. Band 22, Nr. 5, 1. März 2006, S. 634–636, doi:10.1093/bioinformatics/btk039. 
5. ↑ Tomáš Pluskal, Sandra Castillo, Alejandro Villar-Briones, Matej Orešič: MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1, 23. Juli 2010, S. 395, doi:10.1186/1471-2105-11-395, PMID 20650010, PMC 2918584 (freier Volltext). 
6. ↑ Robin Schmid, Steffen Heuckeroth, Ansgar Korf, Aleksandr Smirnov, Owen Myers, Thomas S. Dyrlund, Roman Bushuiev, Kevin J. Murray, Nils Hoffmann, Miaoshan Lu, Abinesh Sarvepalli, Zheng Zhang, Markus Fleischauer, Kai Dührkop, Mark Wesner, Shawn J. Hoogstra, Edward Rudt, Olena Mokshyna, Corinna Brungs, Kirill Ponomarov, Lana Mutabdžija, Tito Damiani, Chris J. Pudney, Mark Earll, Patrick O. Helmer, Timothy R. Fallon, Tobias Schulze, Albert Rivas-Ubach, Aivett Bilbao, Henning Richter, Louis-Félix Nothias, Mingxun Wang, Matej Orešič, Jing-Ke Weng, Sebastian Böcker, Astrid Jeibmann, Heiko Hayen, Uwe Karst, Pieter C. Dorrestein, Daniel Petras, Xiuxia Du, Tomáš Pluskal: Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3. In: Nature Biotechnology. 1. April 2023, PMID 36859716, PMC 10496610 (freier Volltext).