GNPS

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GNPS (Global Natural Product Social Molecular Networking) ist eine Massenspektrometrie-Datenbank und ein webbasiertes Verarbeitungswerkzeug für Massenspektren.

Geschichte

GNPS war ursprünglich als System zur Ablage von Rohdaten und soziales Netzwerk konzipiert.[1] Der Fokus lag auf der Identifizierung von kleinen Molekülen mittels Tandem-Massenspektrometrie mit dem Ziel die chemisch-analytische Erkenntnis mit biologischen Fragestellungen zu verknüpfen. Hierfür werden die Spektren entsprechend annotiert.[2] Um auch während der COVID-19-Pandemie gemeinsam zu arbeiten, wurde das webbasierte GNPS Dashboard entwickelt, das Datenauswertung in einer Weboberfläche anbietet. Es erlaubt gemeinsam die Daten zu verarbeiten und Gutachtern im Peer Review die Verarbeitungsschritte nachzuvollziehen sowie letztendlich den FAIR-Prinzipien zu genügen.[3] Da ähnliche chemische Strukturen auch ähnlich Fragmentierungsmuster erzeugen lassen sich mit GNPS auch Ionen zu strukturverwandten Substanzen zuordnen.[4] Die Fähigkeit wurde zudem auf Gaschromatographie mit Massenspektrometrie-Kopplung erweitert.[5] Zudem sind quantitative Analysen und die Auflösung von Isomerengemischen möglich. Dabei werden auch Daten aus Ionen-Mobilitäts-Spektrometern unterstützt.[6]

Einzelnachweise

  1. ↑ Mingxun Wang, Jeremy J. Carver, Vanessa V. Phelan, Laura M. Sanchez, Neha Garg, Yao Peng, Don Duy Nguyen, Jeramie Watrous, Clifford A. Kapono, Tal Luzzatto-Knaan, Carla Porto, Amina Bouslimani, Alexey V. Melnik, Michael J. Meehan, Wei-Ting Liu, Max Crüsemann, Paul D. Boudreau, Eduardo Esquenazi, Mario Sandoval-Calderón, Roland D. Kersten, Laura A. Pace, Robert A. Quinn, Katherine R. Duncan, Cheng-Chih Hsu, Dimitrios J. Floros, Ronnie G. Gavilan, Karin Kleigrewe, Trent Northen, Rachel J. Dutton, Delphine Parrot, Erin E. Carlson, Bertrand Aigle, Charlotte F. Michelsen, Lars Jelsbak, Christian Sohlenkamp, Pavel Pevzner, Anna Edlund, Jeffrey McLean, Jörn Piel, Brian T. Murphy, Lena Gerwick, Chih-Chuang Liaw, Yu-Liang Yang, Hans-Ulrich Humpf, Maria Maansson, Robert A. Keyzers, Amy C. Sims, Andrew R. Johnson, Ashley M. Sidebottom, Brian E. Sedio, Andreas Klitgaard, Charles B. Larson, Cristopher A. Boya P, Daniel Torres-Mendoza, David J. Gonzalez, Denise B. Silva, Lucas M. Marques, Daniel P. Demarque, Egle Pociute, Ellis C. O'Neill, Enora Briand, Eric J. N. Helfrich, Eve A. Granatosky, Evgenia Glukhov, Florian Ryffel, Hailey Houson, Hosein Mohimani, Jenan J. Kharbush, Yi Zeng, Julia A. Vorholt, Kenji L. Kurita, Pep Charusanti, Kerry L. McPhail, Kristian Fog Nielsen, Lisa Vuong, Maryam Elfeki, Matthew F. Traxler, Niclas Engene, Nobuhiro Koyama, Oliver B. Vining, Ralph Baric, Ricardo R. Silva, Samantha J. Mascuch, Sophie Tomasi, Stefan Jenkins, Venkat Macherla, Thomas Hoffman, Vinayak Agarwal, Philip G. Williams, Jingqui Dai, Ram Neupane, Joshua Gurr, Andrés M. C. Rodríguez, Anne Lamsa, Chen Zhang, Kathleen Dorrestein, Brendan M. Duggan, Jehad Almaliti, Pierre-Marie Allard, Prasad Phapale, Louis-Felix Nothias, Theodore Alexandrov, Marc Litaudon, Jean-Luc Wolfender, Jennifer E. Kyle, Thomas O. Metz, Tyler Peryea, Dac-Trung Nguyen, Danielle VanLeer, Paul Shinn, Ajit Jadhav, Rolf Müller, Katrina M. Waters, Wenyuan Shi, Xueting Liu, Lixin Zhang, Rob Knight, Paul R. Jensen, Bernhard Ø Palsson, Kit Pogliano, Roger G. Linington, Marcelino Gutiérrez, Norberto P. Lopes, William H. Gerwick, Bradley S. Moore, Pieter C. Dorrestein, Nuno Bandeira: Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking. In: Nature Biotechnology. Band 34, Nr. 8, August 2016, S. 828–837, doi:10.1038/nbt.3597.
  2. ↑ Allegra T. Aron, Emily C. Gentry, Kerry L. McPhail, Louis-Félix Nothias, Mélissa Nothias-Esposito, Amina Bouslimani, Daniel Petras, Julia M. Gauglitz, Nicole Sikora, Fernando Vargas, Justin J. J. van der Hooft, Madeleine Ernst, Kyo Bin Kang, Christine M. Aceves, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Irina Koester, Kelly C. Weldon, Samuel Bertrand, Catherine Roullier, Kunyang Sun, Richard M. Tehan, Cristopher A. Boya P., Martin H. Christian, Marcelino Gutiérrez, Aldo Moreno Ulloa, Javier Andres Tejeda Mora, Randy Mojica-Flores, Johant Lakey-Beitia, Victor Vásquez-Chaves, Yilue Zhang, Angela I. Calderón, Nicole Tayler, Robert A. Keyzers, Fidele Tugizimana, Nombuso Ndlovu, Alexander A. Aksenov, Alan K. Jarmusch, Robin Schmid, Andrew W. Truman, Nuno Bandeira, Mingxun Wang, Pieter C. Dorrestein: Reproducible molecular networking of untargeted mass spectrometry data using GNPS. In: Nature Protocols. Band 15, Nr. 6, Juni 2020, ISSN 1750-2799, S. 1954–1991, doi:10.1038/s41596-020-0317-5.
  3. ↑ Daniel Petras, Vanessa V. Phelan, Deepa Acharya, Andrew E. Allen, Allegra T. Aron, Nuno Bandeira, Benjamin P. Bowen, Deirdre Belle-Oudry, Simon Boecker, Dale A. Cummings, Jessica M. Deutsch, Eoin Fahy, Neha Garg, Rachel Gregor, Jo Handelsman, Mirtha Navarro-Hoyos, Alan K. Jarmusch, Scott A. Jarmusch, Katherine Louie, Katherine N. Maloney, Michael T. Marty, Michael M. Meijler, Itzhak Mizrahi, Rachel L. Neve, Trent R. Northen, Carlos Molina-Santiago, Morgan Panitchpakdi, Benjamin Pullman, Aaron W. Puri, Robin Schmid, Shankar Subramaniam, Monica Thukral, Felipe Vasquez-Castro, Pieter C. Dorrestein, Mingxun Wang: GNPS Dashboard: collaborative exploration of mass spectrometry data in the web browser. In: Nature Methods. Band 19, Nr. 2, Februar 2022, S. 134–136, doi:10.1038/s41592-021-01339-5.
  4. ↑ Robin Schmid, Daniel Petras, Louis-Félix Nothias, Mingxun Wang, Allegra T. Aron, Annika Jagels, Hiroshi Tsugawa, Johannes Rainer, Mar Garcia-Aloy, Kai Dührkop, Ansgar Korf, Tomáš Pluskal, Zdeněk Kameník, Alan K. Jarmusch, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Kelly C. Weldon, Melissa Nothias-Esposito, Alexander A. Aksenov, Anelize Bauermeister, Andrea Albarracin Orio, Carlismari O. Grundmann, Fernando Vargas, Irina Koester, Julia M. Gauglitz, Emily C. Gentry, Yannick Hövelmann, Svetlana A. Kalinina, Matthew A. Pendergraft, Morgan Panitchpakdi, Richard Tehan, Audrey Le Gouellec, Gajender Aleti, Helena Mannochio Russo, Birgit Arndt, Florian Hübner, Heiko Hayen, Hui Zhi, Manuela Raffatellu, Kimberly A. Prather, Lihini I. Aluwihare, Sebastian Böcker, Kerry L. McPhail, Hans-Ulrich Humpf, Uwe Karst, Pieter C. Dorrestein: Ion identity molecular networking for mass spectrometry-based metabolomics in the GNPS environment. In: Nature Communications. Band 12, Nr. 1, 22. Juni 2021, S. 3832, doi:10.1038/s41467-021-23953-9.
  5. ↑ Alexander A. Aksenov, Ivan Laponogov, Zheng Zhang, Sophie L. F. Doran, Ilaria Belluomo, Dennis Veselkov, Wout Bittremieux, Louis Felix Nothias, Mélissa Nothias-Esposito, Katherine N. Maloney, Biswapriya B. Misra, Alexey V. Melnik, Aleksandr Smirnov, Xiuxia Du, Kenneth L. Jones, Kathleen Dorrestein, Morgan Panitchpakdi, Madeleine Ernst, Justin J. J. van der Hooft, Mabel Gonzalez, Chiara Carazzone, Adolfo Amézquita, Chris Callewaert, James T. Morton, Robert A. Quinn, Amina Bouslimani, Andrea Albarracín Orio, Daniel Petras, Andrea M. Smania, Sneha P. Couvillion, Meagan C. Burnet, Carrie D. Nicora, Erika Zink, Thomas O. Metz, Viatcheslav Artaev, Elizabeth Humston-Fulmer, Rachel Gregor, Michael M. Meijler, Itzhak Mizrahi, Stav Eyal, Brooke Anderson, Rachel Dutton, Raphaël Lugan, Pauline Le Boulch, Yann Guitton, Stephanie Prevost, Audrey Poirier, Gaud Dervilly, Bruno Le Bizec, Aaron Fait, Noga Sikron Persi, Chao Song, Kelem Gashu, Roxana Coras, Monica Guma, Julia Manasson, Jose U. Scher, Dinesh Kumar Barupal, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Reza Mirnezami, Vasilis Vasiliou, Robin Schmid, Roman S. Borisov, Larisa N. Kulikova, Rob Knight, Mingxun Wang, George B. Hanna, Pieter C. Dorrestein, Kirill Veselkov: Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography-mass spectrometry data. In: Nature Biotechnology. Band 39, Nr. 2, Februar 2021, S. 169–173, doi:10.1038/s41587-020-0700-3, PMID 33169034, PMC 7971188 (freier Volltext).
  6. ↑ Louis-Félix Nothias, Daniel Petras, Robin Schmid, Kai Dührkop, Johannes Rainer, Abinesh Sarvepalli, Ivan Protsyuk, Madeleine Ernst, Hiroshi Tsugawa, Markus Fleischauer, Fabian Aicheler, Alexander A. Aksenov, Oliver Alka, Pierre-Marie Allard, Aiko Barsch, Xavier Cachet, Andres Mauricio Caraballo-Rodriguez, Ricardo R. Da Silva, Tam Dang, Neha Garg, Julia M. Gauglitz, Alexey Gurevich, Giorgis Isaac, Alan K. Jarmusch, Zdeněk Kameník, Kyo Bin Kang, Nikolas Kessler, Irina Koester, Ansgar Korf, Audrey Le Gouellec, Marcus Ludwig, Christian Martin H., Laura-Isobel McCall, Jonathan McSayles, Sven W. Meyer, Hosein Mohimani, Mustafa Morsy, Oriane Moyne, Steffen Neumann, Heiko Neuweger, Ngoc Hung Nguyen, Melissa Nothias-Esposito, Julien Paolini, Vanessa V. Phelan, Tomáš Pluskal, Robert A. Quinn, Simon Rogers, Bindesh Shrestha, Anupriya Tripathi, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Kelly C. Weldon, Michael Witting, Heejung Yang, Zheng Zhang, Florian Zubeil, Oliver Kohlbacher, Sebastian Böcker, Theodore Alexandrov, Nuno Bandeira, Mingxun Wang, Pieter C. Dorrestein: Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment. In: Nature Methods. Band 17, Nr. 9, September 2020, S. 905–908, doi:10.1038/s41592-020-0933-6.
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