Zur Qualifikation zur Afrikanischen Nationenmeisterschaft 2009 wurden die 40 afrikanischen Nationalmannschaften in 6 Zonen geteilt. Jede Zone erhielt dabei einen Startplatz für die afrikanische Nationenmeisterschaft. Einzige Ausnahme war die Südzone, die zwei Startplätze erhielt.
Nordzone
1. Runde
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Gesamt
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Hinspiel
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Rückspiel
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Libyen Libysch-Arabische Dschamahirija
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2:2 (6:5 i. E.)
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Tunesien Tunesien 1
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1:1
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1:1
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2. Runde
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Gesamt
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Hinspiel
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Rückspiel
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Algerien Algerien
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2:2 (1:3 i. E.)
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Marokko Marokko
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1:1
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1:1
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Libyen Libysch-Arabische Dschamahirija
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Agypten Ägypten Rückzug 2
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3. Runde
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Gesamt
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Hinspiel
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Rückspiel
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Marokko Marokko
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3:4
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Libysch-Arabische Dschamahirija Libyen
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3:1
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0:3
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Libyen qualifiziert sich für die Endrunde 2009.
2 Ägypten schickte eine Jugendmannschaft in die Qualifikation.
Westzone A
1. Runde
2. Runde
3. Runde
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Gesamt
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Hinspiel
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Rückspiel
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Guinea Guinea-a
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1:1 (1:3 i. E.)
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Senegal Senegal
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1:0
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0:1
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Senegal qualifiziert sich für die Endrunde 2009.
Westzone B
1. Runde
2. Runde
3. Runde
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Gesamt
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Hinspiel
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Rückspiel
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Ghana Ghana
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3:2
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Nigeria Nigeria
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3:2
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0:0
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Ghana qualifiziert sich für die Endrunde 2009.
Ostzone
1. Runde
2. Runde
3. Runde
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Gesamt
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Hinspiel
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Rückspiel
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Tansania Tansania
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5:2
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Sudan Sudan
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3:1
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2:1
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Tansania qualifiziert sich für die Endrunde 2009.
Zentralzone
1. Runde
2. Runde
3. Runde
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Gesamt
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Hinspiel
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Rückspiel
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Kamerun Kamerun
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0:3
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Kongo Demokratische Republik DR Kongo
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0:2
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0:1
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Die Demokratische Republik Kongo qualifiziert sich für die Endrunde 2009.
Südzone
1. Runde
2. Runde
3. Runde
Sambia und Simbabwe qualifizieren sich für die Endrunde 2009.
Gastgeber
Der Gastgeber der ersten Afrikanischen Nationenmeisterschaft war die Elfenbeinküste. Die Mannschaft qualifizierte sich somit automatisch für die Endrunde 2009.