MetFrag

MetFrag

Basisdaten

Entwickler Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie
Erscheinungsjahr 2010
Aktuelle Version 1.1[1]
(6. Februar 2012)
ipb-halle.github.io/MetFrag/

MetFrag ist eine quelloffene Software zur Untersuchung von Metaboliten und anderen unbekannten kleinen Molekülen, die mittels Tandem-Massenspektrometrie analysiert wurden. Dabei greift es auf Strukturdatenbanken wie PubChem oder KEGG zurück.[2] Zunächst führt MetFrag eine Suche nach geeigneten Kandidaten durch, anschließend fragmentiert es diese in silico und führt dann einen Abgleich der vorhergesagten Massenspektren mit den gemessenen durch, die abschließend numerisch bewertet werden.[3] Es bietet einen Metabolitähnlichkeitswert als weiteres Hilfsmittel um synthetische Substanzen in der Suche niedriger zu bewerten.[4] Während des CASMI 2013 schnitt MetFrag gut ab, konnte sich jedoch nicht gegen eine manuelle Auswertemethode durchsetzen.[5] Im Jahr 2016 wurde eine Neuauflage veröffentlicht, die algorithmisch und von der Ergebnisbewertung her verfeinert wurde.[6]

Einzelnachweise

  1. ↑ Release 1.1. 6. Februar 2012 (abgerufen am 22. Mai 2025).
  2. ↑ Sebastian Wolf, Stephan Schmidt, Matthias Müller-Hannemann, Steffen Neumann: In silico fragmentation for computer assisted identification of metabolite mass spectra. In: BMC Bioinformatics. Band 11, 22. März 2010, S. 148, doi:10.1186/1471-2105-11-148, PMID 20307295, PMC 2853470 (freier Volltext).
  3. ↑ Christian Hildebrandt, Sebastian Wolf, Steffen Neumann: Database supported candidate search for Metabolite identification. In: Journal of Integrative Bioinformatics. Band 8, Nr. 2, 1. Juni 2011, S. 23–38, doi:10.1515/jib-2011-157.
  4. ↑ Christoph Ruttkies, Michael Gerlich, Steffen Neumann: Tackling CASMI 2012: Solutions from MetFrag and MetFusion. In: Metabolites. Band 3, Nr. 3, 5. August 2013, S. 623–636, doi:10.3390/metabo3030623.
  5. ↑ Emma L. Schymanski, Michael Gerlich, Christoph Ruttkies, Steffen Neumann: Solving CASMI 2013 with MetFrag, MetFusion and MOLGEN-MS/MS. In: Mass Spectrometry. Band 3, Spec Iss 2, 2014, S. S0036, doi:10.5702/massspectrometry.S0036, PMID 26819879, PMC 4321341 (freier Volltext).
  6. ↑ Christoph Ruttkies, Emma L. Schymanski, Sebastian Wolf, Juliane Hollender, Steffen Neumann: MetFrag relaunched: incorporating strategies beyond in silico fragmentation. In: Journal of Cheminformatics. Band 8, Nr. 1, 29. Januar 2016, S. 3, doi:10.1186/s13321-016-0115-9, PMID 26834843, PMC 4732001 (freier Volltext).
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