Die Liste von Apothekenmuseen enthält museale Einrichtungen zum Themenbereich Apotheke. Die aufgeführten Museen sind entweder allgemeine pharmaziehistorische Sammlungen oder Rekonstruktionen historischer Apotheken, diese wiederum entweder am Original-Standort oder an einen anderen, musealen Standort versetzt. Einige Museen sind beides zugleich (also allgemeine pharmaziehistorische Sammlung präsentiert in historischem Apothekengebäude).
Hofapotheke in der Residenz, Offizin von 1919 nach Auflösung des früheren Apothekenstocks der Wittelsbacher in der Münchner Residenz, noch aktive Apotheke, Schau-Raum daher nicht allgemein öffentlich zugänglich
Apothekenmuseum Naumburg, in noch aktiver Löwen-Apotheke Naumburg (Saale)
Apothekarium, in ehemaliger Hubertus-Apotheke Neubiberg
Alte Fürsterzbischöfliche Hofapotheke Salzburg, Museumsraum mit Inventar des 18. Jh., hinter noch aktiver Apotheke, zugänglich auf Anfrage mit Termin, Salzburg
ARZ Haan AG (Hrsg.): Apothekenmuseen. Reiseführer. PACs Gesellschaft für Promotion, Advertising und Communication-Service mbH.
Daniela Mohr: Alte Apotheken und pharmazie-historische Sammlungen in Deutschland und Österreich. Nikol, Hamburg 2000, ISBN 978-3-933203-07-6.
Eckart Roloff, Karin Henke-Wendt: Besuchen Sie Ihren Arzt oder Apotheker. Eine Tour durch Deutschlands Museen für Medizin und Pharmazie. 2 Bände. S. Hirzel Verlag, Stuttgart 2015, DNB1079232257.
Mária Vida: Apotheken-Museen in Ungarn. Semmelweis-Universität, Budapest 1984, DNB871270013.
↑Mária Vida: Das Apothekenmuseum „Goldener Adler“ im Budaer Burgviertel. Die Pharmazie in der Renaissance und im Barock. In: Aus der Geschichte der Heilkunde (= Orvostörténeti közlemények. Communicationes de historia artis medicinae, Supplement 13–14). 2. Auflage, Budapest 1984, S. 85–93; József Vadas: Museen in Budapest. Corvina Verlag, Budapest 1993, ISBN 963-13-3827-4, S. 118–119.