Nach dem Besuch des Vitzthum-Gymnasiums studierte Hübner an der Universität Göttingen, wo er 1859 mit seiner Arbeit „Über das Acrolein“[1] bei Anton Geuther promovierte. Er habilitierte 1863 und wirkte in Göttingen zunächst als Privatdozent. 1870 wurde er zum außerordentlichen Professor ernannt, 1874 zum ordentlichen Professor. Im gleichen Jahr wurde er Mitdirektor des Allgemeinen Chemischen Laboratoriums bei Friedrich Wöhler, ab 1884 bis zu seinem Tode alleiniger Direktor.