Die Fußball-Verbandsliga Mittelrhein 1998/99 war die 53. Spielzeit der höchsten Spielklasse im Fußball-Verband Mittelrhein. Sie war eine Ligenebene unterhalb der Oberliga Nordrhein angesiedelt und wurde in einer Staffel ausgetragen.
Im Vergleich zur Vorsaison waren die SSG 09 Bergisch Gladbach nach zwei Spielzeiten und der FV Bad Honnef nach 20 Jahren wieder aus der Oberliga Nordrhein abgestiegen. Aus den Landesligen kamen die beiden Aufsteiger TuS Schmidt und Eintracht Italia Köln (beide erstmals in der Verbandsliga) hinzu.
Sieger wurde erstmals der TSC Euskirchen, der damit in die Oberliga Nordrhein aufstieg.
Am Saisonende mussten die Mannschaften auf den letzten drei Plätzen absteigen. Der Siegburger SV 04 verließ die Verbandsliga nach drei Spielzeiten wieder. Die SpVg Frechen 20 (nach zwei Spielzeiten) und der GFC Düren 09 (nach sechs Jahren) hatten ihre Mannschaft während der Saison zurückgezogen.