Die Fußball-Stadtliga Berlin 1965/66 war die 14. Spielzeit der vom Bezirksfachausschuss (BFA) Fußball Berlin (Ost) durchgeführten Bezirksliga Berlin und die neunte unter der Bezeichnung Stadtliga. Sie war die höchste Spielklasse in Berlin (Ost) und die dritthöchste im Ligasystem auf dem Gebiet des DFV.
Die Zweitvertretung vom 1. FC Union Berlin sicherte sich mit einem torlosen Unentschieden am letzten Spieltag bei der SG Lichtenberg 47 ihren ersten Stadtmeistertitel. Da zweite Mannschaften nicht aufstiegsberechtigt in die übergeordnete DDR-Liga waren, nahm der Zweitplatzierte Lichtenberg an der Aufstiegsrunde zur DDR-Liga teil. In dieser belegten sie in der Gruppe A den ersten Rang und stiegen in die zweithöchste Spielklasse auf.
Durch den Abstieg der SG Dynamo Hohenschönhausen aus der DDR-Liga, wurde ihre Zweitvertretung in die Stadtklasse zurückgestuft. Weitere Absteiger in eine der untergeordneten Stadtklassestaffeln waren nach sechsjähriger Zugehörigkeit die BSG Berliner Verkehrsbetriebe und nach acht Spielzeiten die GSG Köpenick. Im Gegenzug stiegen zur Folgesaison nach neunjähriger Abwesenheit die SG Concordia Wilhelmsruh aus der Staffel A sowie die Stadtliganeulinge Einheit Oranienburg aus der Staffel B und die BSG Tiefbau Ost Berlin aus der Staffel C in die Stadtliga auf.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
