Colingsworthviridae

Colingsworthviridae
Schemazeichnung Streptomyces-Phage φC31, Gattung Lomovskayavirus (Querschnitt & Seitenansicht)
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Duplodnaviria Reich: Heunggongvirae Phylum: Uroviricota Klasse: Caudoviricetes Ordnung: incertae sedis Familie: Colingsworthviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear Baltimore: Gruppe 1 Symmetrie: ikosaedrisch, tailed (Siphoviren) Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Colingsworthviridae
Links
ICTV Taxon History: 202419624 NCBI Taxonomy: 308912 (Lomovskayavirus), 2733217 (Tigunavirus), 2733219 (Vashvirus), 2510572 (Sebastisaurus), 2767585 (Shady), 2767586 (Shaeky), 2767589 (Sycamore) ViralZone (Expasy, SIB): 516 (Lomovskayavirus) PhagesDB Cluster: BB PhagesDB Subcluster: BB1 (Lomovskayavirus), BB2 (Sebastisaurus-+Tigunavirus)

Colingsworthviridae ist eine im März 2025 als Familie eingerichtete Gruppe von Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau vom Morphotyp B (Siphoviren). Ihre Wirte sind Bakterien, was sie als Bakteriophagen klassifiziert.^[1][2]

Die Familie wurde als Ergebnis detaillierter genomischer, proteomischer und phylogenetischer Analysen vorgeschlagen und umfasst die Phi-C31-ähnlichen Siphoviren der gemäßigten Zonen.^[3] Sie umfasst insbesondere das Phagencluster BB mit seinen Subclustern BB1 (Gattungen Lomovskayavirus und Sycamorevirus) und BB2 (Gattung Sebastisaurusvirus).^[4]

Die Systematik der Colingsworthviridae ist nach International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), ergänzt um einige Vorschläge nach der Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI) in Hochkommata mit Stand 1. April 2025 (MSL#40v1) wie folgt:^[1][5]

Familie Colingsworthviridae (Phi-C31-like temperate siphoviruses, inkl. Cluster BB)

• ohne zugewiesene Unterfamilie
  • Gattung Lomovskayavirus (früher Phic31virus, Phic3unalikevirus, PhiC31-ähnliche Viren, φC31-ähnliche Viren, im Subcluster BB1; 2 Spezies),^[6] nicht-isometrisches Kapsid
    • Spezies Lomovskayavirus BT1 (Streptomyces-Virus phiBT1), mit Streptomyces-Phage phiBT1 alias Streptomyces-Phage φBT1, Bacteriophage phi-BT1^[7]
    • Spezies Lomovskayavirus C31 (Streptomyces-Virus phiC31), mit Streptomyces-Phage phiC31 alias Streptomyces-Phage φC31, Bacteriophage phi-C31^[8] (Modellorganismus)^[9]
    • Spezies Lomovskayavirus shawty, mit Streptomyces-Phage Shawty
  • Gattung Sebastisaurusvirus (Subcluster BB2)
    • Spezies Sebastisaurusvirus heather, mit Streptomyces-Phage Heather
    • Spezies Sebastisaurusvirus remusloopin, mit Streptomyces-Phage RemusLoopin
    • Spezies Sebastisaurusvirus sebastisaurus, mit Streptomyces-Phage Sebastisaurus
  • Gattung Shadyvirus
    • Spezies Shadyvirus shady, mit Streptomyces-Phage Shady^{[10][A. 1]}
  • Gattung Shaekyvirus
    • Spezies Shaekyvirus shaeky, mit Streptomyces-Phage Shaeky
  • Gattung Sycamorevirus
    • Spezies Sycamorevirus sycamore, mit Streptomyces-Phage Sycamore
  • Gattung Tigunavirus (abgetrennt von Lomovskayavirus, im Subcluster BB1)
    • Spezies Tigunavirus TG1, mit Streptomyces-Phage TG1
  • Gattung Vashvirus
    • Spezies Vashvirus euratis, mit Streptomyces-Phage Euratis
    • Spezies Vashvirus lilbooboo, mit Streptomyces-Phage Lilbooboo
    • Spezies Vashvirus vash, mit Streptomyces-Phage Vash

Mit der Bezeichnung der Familie Colingsworthviridae wird der amerikanische Industriemikrobiologen Donald R. Colingsworth geehrt. Er hatte als erstes einen Streptomyces-Bakteriophagen isoliert; der Suffix ‚-viridae‘ kennzeichnet Virusfamilien.^{[2][3][13][14][15]}

1. ↑ Streptomyces-Phage Shady ist nicht zu verwechseln mit:
   • Arthrobacter-Phage Shade,^[11] Gattung Marthavirus (Berryhillviridae)
   • Arthrobacter-Phage Shady^[12]

1. ↑ ^{a b} ICTV: MSL #40.v1, 3. März 2025.
2. ↑ ^{a b} ICTV: Family: Colingsworthviridae.
3. ↑ ^{a b} Ipek Kurtböke, Liliana Cristina Moraru, Igor Tolstoy, Andrew M. Kropinski: Create a new family, Colingsworthviridae, of Streptomyces temperate phages (Class Caudoviricetes). Vorschlag 2024.008B (zip:docx). 15. Mai 2024, Stand: 30. September 2024.
4. ↑ PhagesDB: Cluster BB.
5. ↑ ICTV: Master Species Lists (MSL).
6. ↑ SIB: Lomovskayavirus, syn. Phic31virus. Auf: ViralZone.
7. ↑ Matthew A. Gregory, Rob Till, Margaret C. M. Smith: Integration Site for Streptomyces Phage φBT1 and Development of Site-Specific Integrating Vectors. In: Journal of Bacteriology, Band 185, Nr. 17, September 2003, S. 5320–5323; doi:10.1128/JB.185.17.5320-5323.2003, PMC 180994 (freier Volltext), PMID 12923110 (englisch).
8. ↑ Robert B. Sinclair, Mervyn J. Bibb: The repressor gene (c) of the Streptomyces temperate phage ϕc31: Nucleotide sequence, analysis and functional cloning. In: Molecular and General Genetics (MGG), Band 213, August 1988,S. 269–277; doi:10.1007/BF00339591, PMID 3185504 (englisch.
9. ↑ Paul A. Hoskisson: Streptomyces Bacteriophages. Auf: ActinoBase.
10. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Streptomyces phage Shady; Nucleotide: Streptomyces phage Shady, complete genome, Accession: MT701596.
11. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Arthrobacter phage Shade; Nucleotide: Arthrobacter phage Shade, complete genome, Accession: MF189178, collected by D. Shade, 01-Oct-2014, King of Prussia, PA.
12. ↑ PhagesDB: Arthrobacter phage Shady, Found By Divid Masoud, 2023, Montclair, NJ.
13. ↑ Donald R. Colingsworth. Auf: ScholarGPS.
14. ↑ Dr. Donald R. Colingsworth (1912 – 2003). Vita auf mlive.com.
15. ↑ aut​hor:"Colingsworth, Donald R." Publikationen: Astrophysics Data System (ADS) auf harvard.edu (englisch).